對于整箱托運的集裝箱貨物運費的計收：一種方法是同拼箱貨一樣，按實際運費噸計費。另一種方法，也是目前采用較為普遍的方法是，根據集裝箱的類型按箱計收運費。
在整箱托運集裝箱貨物且所使用的集裝箱為船公司所有的情況下，承運人則有按“集裝箱最低利用率”(container minimum utilization)和“集裝箱最高利用率”(container maximum utilization)支付海運運費的規定。
(1)按集裝箱最低利用率計費
一般說來，班輪公會在收取集裝箱海運運費時通常只計算箱內所裝貨物的噸數，而不對集裝箱自身的重量或體積進行收費，但是對集裝箱的裝載利用率有一個最低要求，即“最低利用率”。不過，對有些承運人或班輪公會來說，只是當采用專用集裝箱船運輸集裝箱時，才不收取集裝箱自身的運費，而當采用常規船運輸集裝箱時則按集裝箱的總重(含箱內貨物重量)或總體積收取海運運費。
規定集裝箱最低利用率的主要目的是，如果所裝貨物的噸數(重量或體積)沒有達到規定的要求，則仍按該最低利用率時相應的計費噸計算運費，以確保承運人的利益。在確走集裝箱的最低利用率時，通常要包括貨板的重量或體積。最低利用率的大小主要取決于集裝箱的類型、尺寸和集裝箱班輪公司所遵循的經營策略。當然，在有些班輪公會的費率表中，集裝箱的最低利用率通常僅與箱子的尺寸有關，而不考慮集裝箱的類型。目前，按集裝箱最低利用率計收運費的形式主要有三種：最低裝載噸、最低運費額以及上述兩種形式的混合形式。
最低裝載噸可以是重量噸或體積噸，也可以是占集裝箱裝載能力(載重或容積)的一個百分比。以重量噸或體積噸表示的最低裝載噸數通常是依集裝箱的類型和尺寸的不同而不同，但在有些情況下也可以是相同的。而當以集裝箱裝載能力的一定比例確定最低裝載噸時，該比例對于集裝箱的載重能力和容積能力通常都是一樣的，當然也有不一樣的。
最低運費額則是按每噸或每個集裝箱規定一個最低運費數額，其中后者又被稱為“最低包箱運費”。
至于上述兩種形式的混合形式則是根據下列方法確定集裝箱最低利用率：
①集裝箱載重能力或容積能力的一定百分比加上按集裝箱單位容積或每集裝箱規定的最低運費額;
②最低重量噸或體積噸加上集裝箱容積能力的一定百分比。
(2)虧箱運費(short fall freight)的計算
當集裝箱內所裝載的貨物總重或體積沒能達到規定的最低重量噸或體積噸，而導致集裝箱裝載能力未被充分利用時，貨主將支付虧箱運費。虧箱運費實際上就是對不足計費噸所計收的運費，即是所規定的最低計費噸與實際裝載貨物數量之間的差額。在計算虧箱運費時，通常是以箱內所載貨物中費率最高者為計算標準。此外，當集裝箱最低利用率是以“最低包箱運費”形式表示時，如果根據箱內所載貨物噸數與基本費率相乘所得運費數額，再加上有關附加費之后仍低于最低包箱運費，則按后者計收運費。
(3)按集裝箱最高利用率計收運費
集裝箱最高利用率的含義是，當集裝箱內所載貨物的體積噸超過集裝箱規走的容積裝載能力(集裝箱內容積)時，運費按規定的集裝箱內容積計收，也就是說超出部分免收運費。至于計收的費率標準，如果箱內貨物的費率等級只有一種，則按該費率計收;如果箱內裝有不同等級的貨物，計收運費時通常采用下列兩種做法：一種做法是箱內所有貨物均按箱內最高費率等級貨物所適用的費率計算運費;另一種做法是按費率高低，從高費率起往低費率計算，直至貨物的總體積噸與規定的集裝箱內容積相等為止。
需指出的是，如果貨主沒有按照承運人的要求，詳細申報箱內所裝貨物的情況，運費則按集裝箱內容積計收，而且，費率按箱內裝貨物所適用的最高費率計。如果箱內貨物只有部分沒有申報數量，那么，未申報部分運費按箱子內容積與已申報貨物運費噸之差計收。
規定集裝箱最高利用率的目的主要是鼓勵貨主使用集裝箱裝運貨物，并能最大限度地利用集裝箱的內容積。為此，在集裝箱海運運費的計算中，船公司通常都為各種規格和類型的集裝箱規定了一個按集裝箱內容積祈算的最高利用率，例如，20ft集裝箱的最高利用率為31立方米，而40ft集裝箱的最高利用率為67立方米。最高利用率之所以用體積噸而不用重量噸為計算單位，是因為每一集裝箱都有其最大載重量，在運輸中超重是不允許的。因此，在正常情況下，不應出現超重的集裝箱，更談不上鼓勵超重的做法。
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