企業申報方式
58號公告以應稅特許權費用相關貨物進口時是否已支付應稅特許權費用給予了兩種申報模式：貨物進口時已支付應稅特許權使用費和貨物進口時尚未支付應稅特許權使用費。
已支付
相關進口貨物申報進口時已支付應稅特許權使用費的，在進口貨物報關時，在報關單“支付特許權使用費確認”欄目選擇“是”，在 “雜費”欄目進行申報，并使用海關接受貨物申報進口之日適用的稅率、計征匯率進行征稅。
注意事項
如果在貨物申報進口時已支付的應稅特許權使用費已包含在進口實付、應付價格內，并且在貨物銷售合同/協議和特許權許可合同/協議中均沒有量化分隔條款，可一并申報在“總價”欄中，無須填報在“雜費”欄。
未支付
相關進口貨物申報進口時未支付應稅特許權使用費的，同樣需要在“支付特許權使用費確認”欄目選擇“是”，但之后的操作與上一種不同。這種情況需要使用與進口貨物分離單獨申報的模式，58號公告給出了全新的操作方法，申報內容應進行如下填制：
1“商品名稱”填報原進口貨物名稱
2“商品編碼”填報原進口貨物編碼
3“法定數量”填報“0.1”
4“總價”填報每次支付的應稅特許權使用費金額
5“毛重”和“凈重”填報“1”
第二種申報模式在填報申報內容之外，58號公告給出了特殊要求，將應稅特許權使用費申報與普通貨物加以區分，應特別注意以下幾點：
1.時間要求
應在支付特許權費用后的30日內向海關申報，未在規定期限內申報而造成少征或者漏征稅款的，按日加收少征或者漏征稅款萬分之五的滯納金。
2.隨附資料
需要填寫并隨附《應稅特許權使用費申報表》。
3.監管方式
進行單獨報關單申報時，在“監管方式”欄目填報“特許權費用后續征稅”（代碼9500）。
4.稅率適用
海關按照接受特許權使用費申報納稅手續之日貨物適用的稅率、計征匯率，對特許權使用費征收稅款，不再按原進口貨物報關單稅率、計征匯率計征，這點在預估征稅額時請特別注意。
5.特殊事項
如果原進口報關單未在“支付特許權使用費確認”欄目選擇“是”，則后期不能按照“后續征稅”方式申報。
例如，國內a企業和國外b企業簽訂合同，進口貨物并在貨物進口后支付應稅特許權使用費200000歐元。貨物于2019年6月17日申報進口，特許權使用費于2019年7月29日對外支付，a企業于2019年8月13日向海關辦理特許權使用費申報納稅手續。2019年6月17日貨物進口關稅稅率10%，增值稅率13%，匯率8；2019年8月13日貨物進口關稅稅率10%，增值稅率13%，匯率8.5。具體來看，a企業申報進口時應在“支付特許權使用費確認”欄目選擇“是”；同時，a企業應在特許權使用費支付后30日內辦理特許權使用費申報納稅手續，并填報《應稅特許權使用費申報表》。對應稅特許權使用費征收關稅200000×8.5×0.1＝170000元，征收增值稅（200000×8.5＋170000）×0.13＝243100元。
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