面對持續暴雨，海關采取措施保障通關秩序，目前廣西、廣東、湖南、江西等地通關順暢。
在廣西，南寧海關隸屬柳州海關監管區鷓鴣江碼頭四號泊位平臺則被洪水沒過約1米，柳州海關及時組織巡查，確保各項監管到位、安全有序。
“多虧了海關的同志，才避免了我們那一批出口貨物的損失。”廣東恩平一家紡織印染企業有限公司的報關主管說，7月1日18：00，企業報關人員發現因為自己的疏忽，錯誤申報陸路出口口岸信息，導致貨物仍然滯留出口口岸。眼看雨勢越下越大，貨物滯留下去可能造成較大的經濟損失，企業非常著急。江門海關在收到企業報告后，第一時間安排人員聯系處置所涉報關單。當晚23：00點，企業貨物順利離境。江門海關現場業務一處為協助船只在洪峰來臨前裝載完畢駛離碼頭，關員連日加班工作到凌晨3點，確保最后一艘船只裝載清關。
因湘江長沙段全面禁航，湖南部分企業生產急需的進口貨物水運轉關遇阻。長沙海關立即通過關企qq群、電話聯系等方式了解企業需求，第一時間對在汛期急需進出口的貨物，按照長沙霞凝港與岳陽城陵磯間“到貨通知互認”模式在長沙申報、岳陽驗放。對仍在口岸未辦理轉關的貨物，采用通關一體化模式在口岸驗放，再由公路運輸方式轉運。7月4日，博世汽車部件（長沙）有限公司申報進口的一批汽車零配件在長沙海關辦完通關手續后，貨物即由上海洋山港碼頭改由汽車從陸路運抵長沙。
據長沙海關現場處通關科科長李磊介紹，長沙海關采取24小時預約加班、派查驗關員上門驗放、提高貨物驗放速度等措施。汛期貨物進出口通關基本未受影響， 7月1日至4日，每天都有80多票進出口貨物在海關放行通關。
長沙海關隸屬岳陽海關及時了解并公布城陵磯洪水信息，對長江大堤及監管場和特殊監管區開展不間斷巡查，及時清理監管場所和特殊監管區排水溝，防止發生內澇，確保岳陽城陵磯新港和岳陽城陵磯綜合保稅區業務正常運行。6月30日至7月3日，城陵磯新港吞吐集裝箱2405標箱，城陵磯綜保區監管進出卡口96車次，監管貨物2598噸。
長沙海關駐黃花機場辦針對因暴雨導致航班集中到達的情況，開放多條旅客通道，6月30日至7月4日，共監管進出境航班199架次，監管進出境人員31784人次。
受長江水位暴漲影響，按照地方防汛部署，南昌海關隸屬九江海關負責九江市長江大堤17號閘口90米長的巡堤查險。九江海關組成由“一把手”帶隊的22人抗洪搶險黨員突擊隊，于7月3日8:30起在該責任段每天4班次24小時不間斷開展堤壩巡查值守工作。同時按九江市防汛指揮部部署要求立即搭建2間防汛值班房、儲備3立方沙石和100條沙石編織袋。
為確保關區企業進出口通關順暢，南昌海關多渠道了解外貿企業通關需求及海關監管貨物安全狀況，對曾遭受汛澇災害的保稅企業和此次受影響較大的市縣內重點外貿企業指定專人對接聯系。全天候接受企業預約通關，對因天氣原因途中延誤的貨物加班驗放；對因道路阻斷無法前來海關辦理業務的高資信企業，采取電話報告、事后交單等臨時措施，對易濕、防潮等貨物推行優先通關、下廠監裝、下廠驗放、隨到隨放等便利措施。
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