海域使用權(quán)人的義務(wù)主要包括：(1)支付海域使用金等費(fèi)用的義務(wù)。(2)按照海域功能區(qū)劃和約定使用海域的義務(wù)。(3)容忍義務(wù)，即海域使用權(quán)人對不妨礙其依法使用海域的非排他性用海活動，不得阻撓。(4)及時通知義務(wù)，即海域使用權(quán)人發(fā)現(xiàn)所使用的海域的自然條件發(fā)生重大變化，應(yīng)當(dāng)及時報告海洋行政主管部門。(5)其他義務(wù)。如海域使用權(quán)人未經(jīng)批準(zhǔn)不得從事海洋基礎(chǔ)測繪；海域使用權(quán)終止后，應(yīng)拆除可能造成海洋環(huán)境污染或影響其他用海項(xiàng)目的設(shè)施和構(gòu)筑物。
二、海域使用權(quán)的權(quán)利體系
海域使用權(quán)作為一種新型的重要的民事權(quán)利，其體系化的形成需要將其按照不同的標(biāo)準(zhǔn)進(jìn)行區(qū)分，具體而言，主要有以下分類：
一)有償使用的海域使用權(quán)和無償使用的海域使用權(quán)
根據(jù)海域使用權(quán)的使用是否需要交付對價，可以將其分為有償使用的海域使用權(quán)和無償使用的海域使用權(quán)。為了保證海域這一自然資源的合理使用、建立其經(jīng)濟(jì)補(bǔ)償機(jī)制、實(shí)現(xiàn)國有海域資源性資產(chǎn)的保值增值和避免對海域的過度無序利用，國家對海域?qū)嵭杏袃斒褂弥贫龋磫挝缓蛡€人使用海域，應(yīng)當(dāng)按照國務(wù)院的規(guī)定繳納海域使用金，且海域使用金應(yīng)當(dāng)按照國務(wù)院的規(guī)定上繳財政。然而，海域有償使用制度并不排除在特殊情況下對海域的無償使用，國家從有利于海洋上防衛(wèi)、管理和公益事業(yè)的發(fā)展全局出發(fā)，規(guī)定有些海域使用權(quán)的取得是無償?shù)模?.軍事用海；2.公務(wù)船舶專用碼頭用海；3.非經(jīng)營性的航道、錨地等交通基礎(chǔ)設(shè)施用海；4、教學(xué)、科研、防災(zāi)預(yù)災(zāi)、海難搜救打撈等非經(jīng)營性公益事業(yè)用海。
二)原始取得的海域使用權(quán)和繼受取得的海域使用權(quán)
根據(jù)海域使用權(quán)取得的方式，可以將其分為原始取得的海域使用權(quán)和繼受取得的海域使用權(quán)。前者是指使用權(quán)人直接從國家取得的海域使用權(quán)，其方式有二，即申請審批取得和因法律行為取得(如招標(biāo)和拍賣)。后者是指因企業(yè)合并、分立或者與他人合資、合作經(jīng)營或者依法轉(zhuǎn)讓、繼承等情形而取得海域使用權(quán)。繼受取得的海域使用權(quán)不是來源于國家，而是來自于其他民事法律主體。
三)海洋工程海域使用權(quán)、養(yǎng)殖海域使用權(quán)、港口海域使用權(quán)、海洋油氣勘探開采海域使用權(quán)、海底電纜管道海域使用權(quán)等
根據(jù)海域使用功能的不同可以將海域使用權(quán)分為海洋工程海域使用權(quán)、養(yǎng)殖海域使用權(quán)、港口海域使用權(quán)、海洋油氣勘探開采海域使用權(quán)、海底電纜管道海域使用權(quán)等情形。
此外，還可以根據(jù)海域性質(zhì)的不同將其分為內(nèi)水海域使用權(quán)和領(lǐng)海海域使用權(quán)。
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